Las hipótesis sobre los orígenes del San Bernardo son múltiples e incluso algunas basadas en las leyendas que desde hace siglos acompañan a esta raza. La más aceptable y documentada parece ser la sostenida por los investigadores Keller, Kraemer y Hein (conocidos por los estudios que efectuaron a este respecto), según los cuales el San Bernardo sería un descendiente directo del Moloso asirobabilónico utilizado por los romanos durante las invasiones del Norte de Europa. Después fueron los monjes del Saint Bernard que recogieron a algunos de estos perros que, por su fuerza y resistencia, eran empleados como guardias del monasterio. Pero no era esa su única función ya que al mismo tiempo cumplían la tarea de socorrer a los viajeros que, atravesando los puertos alpinos, eran con frecuencia víctimas de avalanchas y aludes: este perro, dotado de un excelente olfato y de gran sensibilidad, lograba establecer la presencia de personas, incluso enterradas a varios metros bajo la nieve. Numerosos son los testimonios históricos de la raza: algunos bajorrelieves asirios reproducen a un perro muy similar; pero todavía más interesantes son dos dibujos de 1600, conservados en el monasterio, que representan a dos perros de pelo corto exactamente iguales a los que se ven actualmente. Originariamente, los Perros de San Bernardo tenían el pelo corto ya que la otra variedad surge en tiempos relativamente recientes como consecuencia de cruzamiento con el Perro de Terranova. En el monasterio del Gran San Bernardo, los monjes sólo crían perros de pelo corto sobre cuya capa resbala mejor la nieve, evitando de este modo, la formación de hielo que representaría una carga mayor para el animal. Si los suizos han sido durante siglos los custodios celosos de esta raza, el mérito de su difusión se debe, sin embargo, a los ingleses que posiblemente fueron los primeros en presentar algunos ejemplares en las exposiciones caninas muy importantes de su país, haciéndolo conocer de esta manera al gran público. Desde ese momento, la difusión del San Bernardo fue muy rápida y hoy se cría en América y en todos los países europeos como por ejemplo en Italia, donde se impuso desde hace muchos años con un notable incremento después de la Segunda Guerra Mundial.